Bandė įdiegti „gromacs“ 5.1.1 naudojant „homebrew“, visos komandos nerandamos

1. Kaip įdiegti naujausią „Gromacs“ versiją?
2. Kaip atsisiųsti ir įdiegti „Gromacs“?
3. Kaip įdiegti „Gromacs“ sistemoje „Windows 10“?
4. Kaip paleisti „Gromacs“ sistemoje „Linux“?
5. Kas yra naujausia „Gromacs“ versija?
6. Kaip patikrinti „Gromacs“ versiją?
7. Kaip įdiegti „Gromacs“?
8. Kaip atsisiųsti ir įdiegti „Cmake“?
9. Kaip įdiegti „Gromacs“ su GPU palaikymu?
10. Kaip atsisiųsti „Gromacs“ į „Linux“?
11. Kaip naudojate „Gromacs“?
12. Kaip pašalinti „Gromacs Linux“?

Kaip įdiegti naujausią „Gromacs“ versiją?

Arba galite atsisiųsti ir išpakuoti „GROMACS“ regresijos testo rinkinį https: // ftp.gromacs.org / regresijos testai / regresijos testai-2021.2.degutas.„gz tarball“ patys ir naudokite išplėstinę cmake parinktį REGRESSIONTEST_PATH, kad nurodytumėte išpakuoto tarball kelią, kuris tada bus naudojamas testavimui.

Kaip atsisiųsti ir įdiegti „Gromacs“?

Arba galite atsisiųsti ir išpakuoti „GROMACS“ regresijos testų rinkinį http: // gerrit.gromacs.org / atsisiųsti / regresijos testai-2020 m.degutas.„gz tarball“ patys ir naudokite išplėstinę cmake parinktį REGRESSIONTEST_PATH, kad nurodytumėte išpakuoto tarball kelią, kuris tada bus naudojamas testavimui.

Kaip įdiegti „Gromacs“ sistemoje „Windows 10“?

Procedūra

1. Atsisiųskite GROMACS šaltinio kodą ir kažkur išpakuokite.
2. Paleiskite CMake GUI.
3. Nustatykite šaltinio kodo katalogą skiltyje „Kur yra šaltinio kodas“ ...
4. Norėdami pastatytą GROMACS įdėti į vietą „Kur sukurti dvejetainius failus“, nustatykite kitą vietą ...
5. Spustelėkite Konfigūruoti. ...
6. Konfigūracija bus sustabdyta, nes ji negali rasti FFTW.

Kaip paleisti „Gromacs“ sistemoje „Linux“?

Paleisti įvesties failą (.

Kitas žingsnis yra sujungti molekulinę struktūrą (gro failą), topologiją (viršutinį failą) MD parametrus (mdp failą) ir (pasirinktinai) rodyklės failą (ndx), kad būtų sukurtas paleisto įvesties failas (tpr plėtinys). Šiame faile yra visa informacija, reikalinga norint pradėti modeliavimą su GROMACS.

Kas yra naujausia „Gromacs“ versija?

GROMACS

Kaip patikrinti „Gromacs“ versiją?

Tiesiog įveskite „pdb2gmx“ terminale ir sužinosite visą reikiamą informaciją.

Kaip įdiegti „Gromacs“?

Arba galite atsisiųsti ir išpakuoti „GROMACS“ regresijos testų rinkinį http: // gerrit.gromacs.org / atsisiųsti / regresijos testai-5.1.4.degutas.„gz tarball“ patys ir naudokite išplėstinę cmake parinktį REGRESSIONTEST_PATH, kad nurodytumėte išpakuoto tarball kelią, kuris tada bus naudojamas testavimui.

Kaip atsisiųsti ir įdiegti „Cmake“?

II - „CMake“ diegimas

Atsisiųskite „Windows“ (WIN32 diegimo programą). Gausite failą, pavadintą cmake-version-win32-x86.exe. Paleiskite jį ir vykdykite diegimo procesą. Būtinai pasirinkite parinktį Pridėti CMake prie sistemos kelio.

Kaip įdiegti „Gromacs“ su GPU palaikymu?

Atsisiunčiamas CUDA priemonių rinkinys

Dabar čia pasirinkite naujausią CUDA įrankių rinkinio versiją pagal savo sistemą. Atsisiųskite vietinį paleidimo failą naudodami šią komandą. Paleistame faile yra visi būtini komponentai, kuriuos reikia įdiegti. Pereikite į katalogą, kuriame norite atsisiųsti diegimo programą.

Kaip atsisiųsti „Gromacs“ į „Linux“?

1. Pradžia. Jei turite ką tik įdiegtą „Ubuntu“, nepamirškite atnaujinti saugyklos informacijos ir programinės įrangos paketų savo sistemoje. ...
2. Montavimas. Pirmasis žingsnis diegiant „Gromacs“ yra gauti cmake. Terminale įveskite: sudo apt-get install cmake. ...
3. Lengvas metodas. ...
4. Reguliarus montavimas.

Kaip naudojate „Gromacs“?

GROMACS pradinės sąrankos įrankis naudoja PBP įvestį, kad sukurtų tris failus, kurie bus reikalingi MD modeliavimui.
...
Sąranka

1. sukurti „topologijos“ failą.
2. paversti PDB baltymų struktūrą į GRO failą, struktūra sutelkta į modeliavimo langelį (ląstelės vienetas)
3. sukurti padėties apribojimo failą.

Kaip pašalinti „Gromacs Linux“?

Norėdami pašalinti šį paketą, galite lengvai naudoti komandą apt ir pašalinti paketą iš „Linux“ operacinės sistemos. Tai pašalins „gromac“ ir visus priklausomus paketus, kurie sistemoje nebereikalingi. Virš komanda pašalins visus konfigūracijos failus ir duomenis, susietus su „gromacs“ paketu.